Dresden 2009 – wissenschaftliches Programm

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BP: Fachverband Biologische Physik

BP 26: Photobiophysics

BP 26.8: Vortrag

Freitag, 27. März 2009, 12:45–13:00, ZEU 260

Evolutionäre Bestimmung kinetischer Parameter für Simulationen metabolischer Systeme — •Tihamér Geyer, Xavier Mol und Volkhard Helms — Zentrum für Bioinformatik, Universität des Saarlandes, Saarbrücken

Sollen für ein metabolisches System die Raten für die individuellen Reaktionen bestimmt werden, so stellt sich oft das Problem, daß die Antwort des Systems von einer Reihe von Raten bestimmt wird, die experimentell nicht unabhängig gemessen werden können. Wir zeigen am Beispiel des photosynthetischen Apparats des Purpurbakteriums Rhodobacter sphaeriodes, wie mit einem evolutionären Algorithmus die Parameter für eine stochastische Simulation so angepasst werden können, daß ein Satz zeitabhängiger Experimente möglichst gut reproduziert wird. Für die Photosynthese wurden etwa zwei Drittel der Parameter in die Optimierung, die mit publizierten Experimenten durchgeführt wurde, einbezogen. Werden die Experimente auf die Optimierung abgestimmt, sollten auf diese Weise auch für andere Systeme fast alle Parameter durch den Fit bestimmbar sein.